Музей 9-декабрь 1925-жылы негизделген. Ал 5-жылдын 1927-мартында Биринчи конокторун кабыл алган.
Тарых учурунда музейдин аталышы бир нече жолу өзгөргөн.

1925-1933
Кыргызстандын Борбордук музейи
Түзүлгөн күнү
Экспозиция Кыргызстан Советтеринин 1-уюштуруу съездинин башталышына даярдалган жана М.в. Фрунзедеги ата-энелер үйүнүн бөлмөлөрүнүн биринде жайгашкан. Музейдин түзүлүшү тоолуу аймактын тарыхын жана жаратылышын системалуу изилдөөгө, жергиликтүү тарыхты кеңири жайылтууга жол ачты. Музейдин алгачкы директору, этнографиялык бөлүмдүн негиздөөчүсү белгилүү окумуштуу-этнограф С. М. Абрамзон болгон. 20-30-жылдары этнографиялык жана табигый-илимий коллекцияларды комплекттөөгө басым жасалган. Тарыхый-археологиялык бөлүмдүн түзүлүшү Ленинград окумуштуусу-археолог А. Н.Бернштамдын ысымы менен байланыштуу.
1933-1943 ||| 1943-1954
Атын өзгөртүү
АТАЛЫШТАРДЫН ТАРЫХЫ
1925-1933-жж. – Кыргызстандын Борбордук музейи; 1933-1943 — жж. – мамлекеттик чөлкөм таануу музейи; 1943-1954-жж. – Улуттук маданият музейи; 1954-ж. – Мамлекеттик тарых музейи болуп өзгөртүлгөн. 2018-жылы-Кыргыз Республикасынын Улуттук тарых музейи болуп кайра аталды. 1941-жылы анын жетекчилиги астында Кыргызстандын тарыхы боюнча биринчи илимий экспозиция б. з.ч. ч. ч. ХХ в башталганга чейин ачылган. 1947-ж. социалисттик курулуш бөлүмү ишин баштайт. Анын экспозициясынын негизин 40-50-жылдардагы музейдин кызматкерлери, азыр белгилүү окумуштуу тарыхчылар: С. К. түптөшкөн. Керимбаев, К.У. Үсөнбаев, К. И. Антипина, В. Я. Галицкий. 1967-жылы тарых музейи 1927-жылы архитектор А. П.Зенковдун долбоору боюнча республиканын Өкмөтү үчүн курулган имаратка көчүп барган. Музей республикадагы ири илимий, маданий жана методикалык борборго айланган. 1991-жылы тарых музейине В. и. Лениндин Борбордук музейинин филиалынын имараты берилген.


2016-2021
Кайра куруу жана
Ачылышы
Азыркы учурда музейдин фондунда 90 миң музейдик маанидеги буюмдар бар, анын ичинде 44 миңи—негизги фонддун эстеликтери. Тарых музейинин сыймыгы анын археологиялык жана этнографиялык коллекциялары, мамлекеттик курулуш, советтик жана эгемендүү Кыргызстандын экономикасы, илими жана маданияты жаатындагы өнүгүү жана жетишкендиктерди баяндаган материалдар. 2016-жылдан 2021-жылга чейин музей 20-ноябрдан 2021-жылга чейин оңдолуп, музей зыяратчылар үчүн эшигин ачты.